Transglutaminase is een enzym dat door het darmweefsel wordt geproduceerd. Het enzym zorgt voor de stabiliteit van het weefsel. Het induceert bindingen tussen proteïnen. Als het weefsel wordt beschadigd, zoals bij coeliakie, dan komt er transglutaminase vrij. Dit kan bindingen tussen gliadines veroorzaken of zelf met gliadine binden. Zo ontstaan er proteïneverbindingen die door het lichaam als vreemde stoffen (antigenen) worden herkend en de productie van antistoffen veroorzaken.

Bij een glutenintolerantie vormt het lichaam antistoffen tegen de gluten (anti-gliadine IgA) en tevens tegen eigen lichaamsweefsels (anti-transglutaminase IgA - auto-immuniteit), die dan in de ontlasting kunnen worden opgespoord. Een verhoogd gehalte aan anti-transglutaminase in de ontlasting is typerend voor patiënten met coeliakie. Het anti-transglutaminase onderzoek wordt uitgevoerd ter bevestiging van een verhoogd anti-gliadine gehalte.