De vaginawand is bekleed met epitheelweefsel. De dikte hiervan is afhankelijk van de hormonale balans en varieert dus tijdens de gehele menstruatiecyclus. Voor de eerste menstruatie en na de overgang is het epitheelweefsel veel dunner. Vrouwen in deze leeftijdscategorieën hebben een extra kwetsbare vaginale celwand, met daarbij een sneller optredende disbalans in de vaginale biota. Met name tussen de eerste menstruatie en de menopauze, veroorzaakt de hogere oestrogeenspiegel een opslag van glycogeen in het vaginale epitheel. In deze periode krijgt de vagina onder invloed van het anaërobe metabolisme van glycogeen in het epitheel en lactobacillen in de vaginale biota, een pH-waarde van ongeveer 4.

De normale samenstelling van de vaginale biota ziet er in grote lijnen als volgt uit:

Met behulp van een wattenstaafje, moet er een uitstrijkje worden gemaakt van de binnenste en buitenste schaamlippen. Vervolgens moet de wat circa 3 cm. diep ingebracht worden om een uitstrijkje te maken van de vaginawanden.