Transiënt darmbioom
Het humane colon bevat 10¹¹ bacteriën per gram en heeft daarmee de grootste populatie bacteriën in het lichaam. De meeste hiervan zijn anaëroob.
De darmbiota bestaat uit een residente en een transiënte darmbiota. Deze bestaan uit aërobe, anaërobe en micro-aerofiele darmbacteriën.
De transiënte darmbiota, ook wel passerende darmbiota genoemd, wordt via de voeding opgenomen. Ze bestaat uit bacteriën die tot op zekere hoogte worden getolereerd, maar ze hebben in het algemeen geen nut en sommige zijn ziekteverwekkend.
De transiënte darmbiota bestaat uit:
- Anaërobe bacteriën: Clostridium species
- Aërobe bacteriën: Pseudomonas species, Enterobacteriaceae groep 1 (o.a. Proteus species) en groep 2 (o.a. Klebsiella species, Enterobacter species)
- Obligaat pathogene bacteriën: Salmonella species, Shigella species, Yersinia species
Een belangrijk onderdeel van het in kaart brengen van de aërobe transiënte darmbiota is het onderzoek naar Enterobacteriën. Hierbij staat het kwalitatief determineren van de diverse species van de Enterobacteriaceae centraal. Onder de Enterobacteriaceae species bevinden zich namelijk een aantal species die diverse pathogene eigenschappen hebben. Enkele obligaat pathogene species uit deze familie zijn Salmonella, Shigella, en Yersinia species. Ureaseproducerende species als Proteus species, kunnen bij patiënten met een verminderde leverfunctie de ammoniumconcentratie in serum verhogen. Diverse species van de Enterobacteriaceae zijn betrokken bij reumatoïde reacties, waaronder Enterobacter- en Klebsiella species.
Transiënte anaërobe bacteriën
De meeste Clostridium species groeien onder anaërobe omstandigheden. Een hoeveelheid van < 104 is acceptabel voor het darmmilieu. Door hun stofwisselingsactiviteit, ze gebruiken koolhydraten, eiwitten en vetten, kunnen ze bij overschrijding van de tolerantiegrens belastingen veroorzaken. Vooral de mogelijkheid om vetten te splitsen, kan de oorzaak zijn van het ontstaan van schadelijke substanties. Vaak gaat een verhoogde aanwezigheid van Clostridia samen met een verlaagde hoeveelheid Bifidobacteriën en/of Bacteroïdetes.
Clostridium difficiele is een grampositieve, sporenvormende bacterie en de belangrijkste veroorzaker van diarree en colitis die geassocieerd wordt met antibiotica. De mortaliteit bij oudere mensen die geïnfecteerd zijn met deze bacterie is ongeveer 25%. De bacterie komt voor bij 5% van de volwassenen en bij 15 tot 70% van de kinderen. De meerderheid van de geïnfecteerde ziekenhuispatiënten is asymptomatische drager van de bacterie.
Een andere veel voorkomende soort is Clostridium perfringens. C. perfringens is een grampositieve, anaerobe, sporenvormende, staafvormige bacterie en veroorzaakt necrotiserende en histolytische toxinen (lecithinasen) en enzymen als proteasen en collagenasen. Clostridium perfringens lokt ontstekingsprocessen uit. Infecties met C. perfringens komen vaak door de consumptie van slecht gekoeld vlees.
Transiënte aërobe bacteriën
Bacteriën van de Enterobacteriaceae groep 1 en 2 zetten vooral eiwitten om. Ze komen met name vaker voor bij grootschalige ontstekingen. Ze zijn belastend voor de lever door de productie van toxinen, ammoniak en biogene amines.
Transiënte obligaat pathogene bacteriën
Het gebruik van antibiotica maakt de kans op een salmonella-infectie groter. Deze infecties komen vaker voor bij jonge kinderen. De meest voorkomende soorten zijn S. typhimurium, S. heidelberg en S. enteritidis. De bronnen voor een salmonella-infectie zijn: contact met zieke mensen, leven in landelijke gebieden, recente (buitenlandse) reizen, contact met besmette huisdieren en het eten van ongepasteuriseerde zuivelproducten en ongaar vlees. Ook Shigella species zijn vaak verantwoordelijk voor darminfecties waarbij diarree ontstaat.
